Tarihçi – muharrir Prof. Dr. İlber Ortaylı, “Bütün bu yapının önemli halde incelenmesi, uzun uzun raporlarla öne konması ve tartışılması gerekiyor. Ayasofya’nın onarım için aşikâr bir süre kesinlikle kapatılması gerekiyor. Yılda 3 milyon ziyaretçinin Ayasofya’ya girmesi bir facia. Dünyada bu üzere yapıtların hepsinde randevu sistemi uygulanıyor. Floransa’daki Duomo denen katedrale, Roma’daki 6. asırdan kalma binalara bakınız. Üstelik Floransa’daki katedral, Brunelleschi’nin bir mükemmeli olmasına karşın öbür saydıklarımda merkezi kubbe denemesi de çok geç devirdedir.” değerlendirmesini yaptı.
Ortaylı yazısında, “Bütün binanın paklığı için; yani olağan rutubetin ve suların akıtılması için yapılan kanalların, yerin sağlamlaştırılması ve vaktin getirdiği çöküntüyü önlemek için yapılan dayanakların gerçek düzgün tespiti gerekir ve Ayasofya’ya randevu ile alınan ziyaretçinin belli sayıyla olması da buna dahildir. Ayasofya, Justinianus’un; yani Konstantin üzere değil, gerçek manada Hıristiyanlığı kabul etmiş, inançlı Hıristiyan imparatorun yaptırdığı binadır. Justinianus Makedonyalıdır, Latinceyi ve Roma’yı sever; Helenliğe de tercih eder. Asırlar uzunluğu bütün Hıristiyan milletlerin yahut İslamiyetten sonra Müslüman milletlerin de fethini hayal ettikleri açık; fakat Fatih Sultan Mehmed üzere büyük bir kumandan bunu gerçekleştirmiştir. Fatih Sultan Mehmed ismini değiştirmedi; Ayasofya’nın Fethiye Mescidi olduğu gerçektir ancak padişahın kendi isminin kullanımı için 1459’dan sonra Fatih Camisi’ni de yaptırdığı bir gerçektir. İstanbul’un fiili başşehir olması da aslında 1459 yılını bulmuştur.” sözünü kullandı.
Ortaylı şunları kaydetti:
“1500 yılına gelen binanın kullanımı, İspanya’da Kurtuba’daki caminin getirildiği hal örnek alınarak gerçekleştirilemez. Biz, İspanyollar üzere davranmak zorunda değiliz. Ayasofya’nın sahibi olmak elbet bir övünç sıkıntısı, bir hâkimiyet sembolüdür ancak onu korumak babındaki mesuliyetin yükü da ortadadır.”