Prof. Dr. Erhan Afyoncu, 20 Temmuz 1967’de Tokat’ta doğmuştur. Birinci ve ortaöğrenimini burada tamamlamıştır.
1984’te başladığı Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Toplumsal Bilgiler Eğitimi Kısmı Tarih Öğretmenliği Anabilim Kolu’ndan 1988’de mezun olmuştur.
1989’da Marmara Üniversitesi Atatürk Eğitim Fakültesi, Toplumsal Bilgiler Eğitimi Kısmı, Tarih Öğretmenliği Anabilim Kısmı’na Araştırma Vazifelisi olarak atandı.
Yüksek lisansını Marmara Üniversitesi’nde Necati Efendi Tarih-i Kırım (Rusya Sefaretnamesi) isimli tez ile 1990’da tamamlamıştır. 1997’de Osmanlı Devlet Teşkilatı’nda Defterhane-i Âmire (XVI-XVIII. Yüzyıllar) isimli tez ile doktorasını bitirmiştir.
2000 yılında Yardımcı Doçent olmuştur. 2001 yılı Mayıs ayında Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Tarih Kısmı’na geçmiştir. 2008 yılında doçent, 2014 yılında profesör olmuştur.
Marmara Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi’nde Tarih Kısım Lider Yardımcılığı, Yeniçağ Tarihi Anabilim Başkanlığı, Sosyoloji Kısım Başkanlığı ile fakülte ve idare şuralarında üye olarak görev yapmıştır.
2012 yılında Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından Atatürk Kültür, Lisan ve Tarih Yüksek Kurumu idare heyeti üyeliğine atanmıştır.
2016 Şubat’ında Marmara Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Dekanı olmuştur. 4 Ekim 2016’da Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan tarafından Ulusal Savunma Üniversitesi Rektörlüğü’ne atanmıştır.
Tanzimat Öncesi Osmanlı Tarihi Araştırma Rehberi, Uydurma Mesih (Osmanlı Evrakları Işığında Dönmeliğin Kurucusu Sabatay Sevi ve Museviler, Osmanlı Devleti Teşkilatında Defterhane-i Âmire(XVI-XVIII. Yüzyıllar), Süleyman Şah Türbesi, Turhan Sultan isimli akademik kitaplarının yanında akademik bilgileri tanınan lisanla kaleme aldığı Sorularla Osmanlı İmparatorluğu, Truva’nın İntikamı, Yavuz’un Küpesi, Baltacı ve Katerina, Kösem Sultan, Osmanlı İmparatorluğu’nda Askeri İsyanlar ve Darbeler, Fransa’ya Osmanlı Tokadı, 1453 Panorama Tarih Müzesi, Osmanlı’nın Hayaleti ve Harika Süleyman isimli yapıtları vardır.
Osmanlı bürokrasisi, savaş tarihi, aşiretler, Osmanlı tarihçileri ve tarih yazıcılığı üzerine araştırmalar yapmaktadır. Bu hususlar üzerine birçok makale, bildirim ve ansiklopedi unsuru kaleme almıştır.
Eserleri İngilizce, Almanca, Çince, Sırpça, Makedonca, Arnavutça, Arapça, Korece ve Romence’ye çevrilmiştir. Akademik çalışmalarının yanı sıra tanınan tarih yazıları da yazmaktadır.
Prof. Dr. Erhan Afyoncu evli ve 3 çocuk babasıdır.